该剧以幽默、诙谐的戏说样式，讲述了南宋末年忽必烈大军一统中国时，南宋临安府（杭州）宰相贾似道以“小虫治国到小虫亡国”的故事。

这是一个发生在战国后期的神奇传说。十三岁的秦始皇（谢苗 饰）登上王位，当时正值七国争雄，战火连连，少年皇帝面临着三大凶险，一是敌国遣美少女间谍潜入皇宫，伺机颠覆皇权，二是母后邯郸姬（洪欣 饰）与丞相吕不韦（吕良伟 饰）私通，觊觎皇位，阴谋垂帘听政、架空皇帝，三是母后与男妓私通生下孽种，以行挟持幼帝篡位之祸，神童小甘罗（曹骏 饰）的出现改变了危机四伏的现状。当时，燕国谋划绑架太子政，不料误绑了甘罗，当燕王得知甘罗只是一个太子的伴童，当即要杀他，但甘罗用自己超人的智慧救了自已。返回秦国后，他扶佐幼主，以顽童嬉

郑汶石是历史上推行新法失败，被皇上赐死的著名大奸臣。然而他坚持信念与原则，实则是忠君爱民的一代名相，因被追杀误入时间隧道，穿越到现代。一心想要回去的郑汶石在朴潼和师天理的帮助下，抽丝剥茧追踪蛛丝马迹，令历史的真相逐渐浮出水面。与此同时，他与朴潼的爱情也渐渐明朗。就在真相大白，尘埃落定之时，同为南阳穿越者的盛琼枝突然现身，研究出了穿越回古代的方法，令郑汶石陷入爱情和家国的两难选择。